Als der siebenjahrige Tim Templeton einen kleinen Bruder bekommt, fallt er aus allen Wolken. Denn die Aufmerksamkeit seiner Eltern gilt jetzt dem sonderbaren Baby mit Anzug und Aktentasche - es ist jetzt der Boss. Tim findet heraus, dass das Boss Baby sich auf einer geheimen Mission befindet. Er erklart sich widerwillig dazu bereit, gemeinsam mit seinem kleinen Bruder in ein Abenteuer aufzubrechen ...