Wizard City, eine Stadt, die niemanden willkommen heißt, aber auch niemanden abweist. Die süße Fee Flan ist hier, um sich einen lebenslangen Traum zu erfüllen, findet sich jedoch bald in den Händen von schmierigen Gangstern wieder. In ihrer Gefangenschaft trifft sie auf den jungen Ninja Koyukimaru. Gemeinsam gelingt den beiden die Flucht. Das ist der Beginn des Kampfes dieses ungleichen Duos gegen die Dunkelheit, die sich immer weiter in der Stadt ausbreitet.
