Kanuniden sonra basa gecen padisahlar, medrese ve ilmiye sinifinin islahina calismislarsa da basari saglanamamis, bozulma ve usulsüzlükler devam etmistir. Ilmiye teskilatindaki islah calismalari, biraz farkli bir yaklasimla daha sonraki asirlarda da devam etmistir. 3. Selim, hemen her konuda islahata girisirken, ilmiyeye önem ve öncelik vermeye gayret etmistir. Bütün bu gayret ve bakis acilari, genellikle klasik anlayisin bir devami niteligindedir. 2. Mahmut döneminde de medreselerle ciddi bir sekilde ilgilenilmemis, ilmiye mensuplarinin sahip oldugu genis imkanlar ve nüfuz sahalari yavas yavas ellerinden alinmaya baslanmistir. Nihayet, 1826da Evkaf-i Hümayun Nezaretinin kuruldu ve o zamana kadar ilmiyenin büyük ölcüde yararlandigi vakif gelirleri nezaret vasitasiyla devlet bütcesine aktarildi. Bu uygulamadan vakif gelirleriyle idare edilen medreseler zarar gördü. Bu dönem, medreseler acisindan kaynaklarin elinden alindigi, yenilenme ve gelismesi icin hicbir ciddi tesebbüsün yapilmadigi, bilakis kendi haline terk edilerek alternatif egitim kurumlarinin, yani Bati usulü egitimin öngörüldügü bir devir olmustur.
