Con tutti i progressi della biologia molecolare, può sembrare sorprendente scoprire che i metodi tradizionali di miglioramento delle piante sono ancora necessari nello sviluppo delle varietà vegetali. Oggi, la procedura di backcross è usata più spesso per spostare un transgene da una buona varietà di coltura di tessuti che è stata usata nella trasformazione a una linea o varietà sperimentale d'elite. Il backcrossing è più efficiente della trasformazione della linea d'élite perché la maggior parte dei protocolli di trasformazione sono ottimizzati per una specifica linea di laboratorio (spesso poco adattabile e con un rendimento inferiore). Molte linee d'elite (che hanno un alto rendimento) non sono adatte alla trasformazione. Quindi gli ingegneri genetici trasformano la loro linea di laboratorio e gli allevatori reincrociano il trangene dalla linea di laboratorio nella linea d'élite. La selezione assistita da marcatori è un processo di selezione indiretta in cui un tratto di interesse viene selezionato sulla base di un marcatore collegato al tratto di interesse La selezione di fondo assistita da marcatori (MABC) può accelerare notevolmente il programma di backcrossing rispetto al backcrossing tradizionale.
