L'endosymbiose archéenne entraîne une augmentation de la synthèse des porphyrines, ce qui a pour effet de canaliser la glycine vers la synthèse des porphyrines. Il n'y a pas de conversion de la glycine en sérine qui est utilisée pour la synthèse de la cystathionine. L'homocystéine est convertie en méthionine et inversement par la voie de la méthylation/déméthylation. Dans son métabolisme en aval, l'homocystéine se combine avec la sérine pour générer la cystathionine, qui est ensuite métabolisée en cystéine par la cystathioninase. Le manque de sérine, dû à une utilisation accrue pour la synthèse des porphyrines, entraîne un défaut de synthèse de la cystathionine et une accumulation d'homocystéine produisant de l'homocystéinemine. L'homocystéine est convertie en méthionine. La méthionine donne des groupes méthyles pour la méthylation des amines biogènes comme l'épinéphrine, la norépinéphrine, la dopamine et la sérotonine ainsi que leurs métabolites. Cela conduit à la génération d'amines méthylées comme la 3,4-diméthoxyphényléthylamine, le LSD, la mescaline et la N-méthyltryptamine. Ces dernières sont générées par N-méthylation et O-méthylation des amines biogènes et sont hallucinogènes, ce qui entraîne des troubles de la conscience comme la schizophrénie, les troubles de l'humeur et l'autisme.