Basée sur le système de carrière, la Fonction Publique malagasy procède au recrutement de ses agents de différentes manières, et les classe suivant une hiérarchie bien établie en fonction de leurs années d'études et de leurs diplômes. Si la GPEEC et la PNFOP constituent un tremplin pour sa réforme, elle souffre de l'échec des réformes précédentes, de l'inadéquation entre les postes dans l'Administration et les compétences des agents, et du non spécialisation des métiers. De plus, elle doit faire face à l'émergence du système de mérite dans la promotion des employés, à l'intégration des nouvelles technologies dans les services publics, et à l'abandon progressif du système de carrière. Compte tenu de l'offre de formation universitaire du système LMD et des acquis de l'apprenant, la Fonction Publique malagasy doit adopter les outils de management public pour pouvoir les motiver à occuper les emplois publics. Ainsi, la redéfinition des conditions d'accès à la Fonction Publique et le réarrangement des catégories des fonctionnaires visent à améliorer le traitement salarial des agents public, accompagné d'une réforme du système de gestion des ressources humaines de l'Etat.