Mysteriöse Einbrüche versetzen New York City in Angst und Schrecken. Die Polizei ist machtlos gegen die kriminelle Bande, angeführt von dem japanischen Ninja-Meister Shredder. Die einzigen, die dem Chaos Einhalt gebieten können, sind die vier Ninja Turtles Leonardo, Raphael, Donatello und Michelangelo, die dank ihres Lehrers, der weisen Ratte Splinter, über hervorragende Ninjutsu-Kenntnisse verfügen. Gemeinsam sagen sie Shredder und seinen Foot-Gang-Fightern den Kampf an.